Η ιδέα για το μυθιστόρημα φαίνεται πως υπάρχει από το 1929, όταν ο Καζαντζάκης, στο Γκόττεσγκαμπ, γράφει στα γαλλικά το Kapétan Élia. Το 1936, στην Αίγινα, κατάπιάνεται με τη συγγραφή του Mon père, επίσης στα γαλλικά· το ξαναδουλεύει το 1940.
Μερικά χρόνια αργότερα, το 1946, στο Κέιμπριτζ, ξεκινά το μυθιστόρημα Ο ανήφορος, που αναφερόταν στη αντίσταση στους Γερμανούς· ένα απόσπασμα με τίτλο «Ο θάνατος του παπού», δημοσιεύεται στη Νέα Εστία το 1947. Ο καπετάν Μιχάλης γράφεται το 1949-1950 στην Αντίμπ.
Στην τελική του μορφή ενσωματώνει κάποιες σελίδες από τα προηγούμενα σχε-διάσματα, καθώς και μερικές περιγραφές, εκ νέου επεξεργασμένες, των κατεστραμμένων χωριών και του βυθισμένου σε πένθος πληθυσμού, που είχαν περιληφθεί στην Έκθεση της Κεντρικής Επιτροπής Διαπιστώσεως Ωμοτήτων εν Κρήτη (1945). Μέρος των εντυπώσεων του Καζαντζάκη από το οδοιπορικό στη μετακατοχική Κρήτη, δημοσιεύτηκε με τον τίτλο «Η Κρήτη» στο περ. Νέα Εστία, τ. 66 (Χριστούγεννα 1959) 39-40.